Управление Главнокомандующего Военно-морскими силами Вооруженных Сил Республики Казахстан

В июле 1999 года военно-морская база вошла в состав Морских частей Пограничной службы КНБ Республики Казахстан.
7 мая 2003 года издан Указ Президента Республики Казахстан №1085 «О мерах по дальнейшему совершенствованию структуры Вооруженных Сил Республики Казахстан».
С этого момента Военно-морские силы окончательно сформировались как самостоятельный вид Вооруженных Сил Республики Казахстан.
В феврале 2010 года Президент страны – Верховный Главнокомандующий Вооруженными Силами Республики Казахстан Нурсултан Абишевич Назарбаев вручил Боевое Знамя главнокомандующему Военно-морскими силами Вооруженных Сил Республики Казахстан.
Защита неприкосновенности государственной границы, территориальной целостности, суверенитета и экономических интересов Республики Казахстан в казахстанском секторе Каспийского моря.
Отражение нападения и нанесение поражения агрессору, участие в локализации и пресечении вооруженных конфликтов.
Охрана и оборона водных районов, включая портовые зоны, а также платформы и искусственные острова с размещенными на них объектами нефтегазодобычи.
Ведение противоподводнодиверсионной обороны.
Обеспечение с моря действий Сухопутных войск, обеспечение высадки морского десанта, перевозки войск и материальных средств, траление морских мин.
Ведение разведывательных действий, включая радиолокационное наблюдение в море в интересах ПВО страны.
Выполнение с военно-морскими силами прикаспийских государств задач по совместной обороне в соответствии с международными договорами.
Проводка нефтеналивных судов (танкеров) и других гражданских судов.
Навигационногидрографическое обеспечение безопасности мореплавания.
Осуществление поисковоспасательных работ на море во взаимодействии с Министерством по чрезвычайным ситуациям Республики Казахстан.
Отработка учебнобоевых задач совместно с соединениями и частями Вооруженных Сил, других войск и воинских формирований Республики Казахстан.
Оказание помощи государственным органам Республики Казахстан при осуществлении ими природоохранных и контрольных функций, а также при ликвидации последствий экологических бедствий и катастроф на море.