Трудовую деятельность начал в 2001 году в Министерстве юстиции Республики Казахстан. В разные годы работал в Министерстве экономики и бюджетного планирования, Канцелярии Премьер-Министра, а также Счетном комитете по контролю за исполнением республиканского бюджета.
С 2010 по 2015 гг. - государственный инспектор, заместитель заведующего Отдела государственного контроля и организационно-территориальной работы Администрации Президента Республики Казахстан.
С 2015 по 2019 гг. - руководитель аппарата акима города Алматы.
В должности заместителя акима Марат Сембеков будет курировать вопросы поддержки малого и среднего бизнеса, привлечения инвестиций, жилищной политики, а также энергоэффективности и инфраструктурного развития Алматы.
В свою очередь ранее занимавший должность заместителя акима города Алмас Мадиев решением совета директоров стал председателем правления Социально-предпринимательской корпорации «Алматы».
