2008 жылғы 10 желтоқсандағы Салық кодексінің 330-бабына сәйкес пайдалы қазбаларды өндіру салығын жер қойнауын пайдаланушы Қазақстан Республикасында өндірілетін минералды шикізаттың, мұнайдың, жер асты суларының және емдік балшықтың әр түріне жеке төлейді.
ПҚӨС келесі жағдайларда төленбейді:
1) жер асты суларын ұстап тұру үшін жер қойнауына қайта айдау кезінде
резервуардағы қысым және соратын техногендік су;
2) жеке тау-кен жер асты сулары арқылы
алынған жер асты сулары кәсіпкерлік қызметте пайдаланылмаса, оған меншік құқығымен, жер пайдалану құқығымен және жер учаскесіне өзге де құқықтармен тиесілі жер учаскесі;
3) мемлекеттік мекемелер өз қажеттіліктері үшін өндіретін жер асты сулары үшін.
Салық кодексінің 340-бабы - салық кезеңі ішінде жер қойнауын пайдаланушы өндірген жер асты суларының физикалық көлемі.
Салық кодексінің 342-бабының 2-тармағына сәйкес жер асты суларында минералды өндіру салығы республикалық бюджет туралы заңда белгіленген және тиісті қаржы жылының 1 қаңтарында өндірілген жер асты суларының 1 текше метріне есептелген айлық есептік көрсеткіш (АЕК) мөлшерінде белгіленеді. (Бұл норма 2016 жылдың 1 қаңтарынан бастап күшіне енді).
Салық кодексінің 342-бабының 2-тармағына кестенің №1 жолында, осы кестенің 2-12-жолдарында көрсетілген жер асты суларын қоспағанда, жер қойнауын пайдаланушы өндіретін жерасты суларына ставка 1 АЕК құрайды.
Жоғарыдағы кестенің 2-12-жолдарында жер қойнауын пайдаланушы өндіретін жерасты суларының шығындары бөлек көрсетілмейді.
Жоғарыда айтылғандардың негізінде жер қойнауын пайдаланушы өндіретін жер асты суларының жоғалуына 1 текше метр үшін 1 АЕК мөлшерінде салық салынуы керек