АЭА аумағында берілетін жеңілдіктер мен преференциялар: аумаққа өткізілетін тауарларға ҚҚС «0» ставкасы; корпоративтік табыс салығынан (КТС) босату; жер салығынан және жер үшін төлемақыдан босату; мүлік салығынан босату; қатысушылардың орналастыруына немесе пайдалануына арналған тауарларды кедендік баждардан босату.
АЭА жұмыс істеуінің жаңа моделін енгізу шеңберінде мынадай шаралар қабылданды:
1) Салықтық және кедендік жеңілдіктерді қолданбай қатысушылардың АЭА аумағына кіру мүмкіндігін көздейтін аралас режим тетігі енгізілді.
2) АЭА қатысушылары қызметті жүзеге асыру туралы шартқа сәйкес инвестициялық міндеттемелерді орындау кезінде жер учаскесін мерзімінен бұрын сатып алу құқығын берген.
Сонымен қатар, Мемлекет басшысының 2022 жылғы 1 қыркүйектегі Қазақстан халқына Жолдауы барысында АЭА қатысушылары үшін «инвестициялар неғұрлым көп болса, жеңілдіктер соғұрлым көп болады» қағидаты бойынша инвестициялық жеңілдіктер беру бөлігінде айтылған тапсырмасының орындалуын заңнамалық қамтамасыз ету мақсатында мынадай түзетулер қабылданып, 2024 жылғы 1 қаңтардан бастап қолданыста болады:
АЭА (А,В,С) қатысушыларының әрбір санаты үшін сараланған тәсіл енгізілді;
салық жеңілдіктерін беру мерзімі анықталды: А – 7 жыл Санаты, В – 15 жыл санаты, С – 25 жыл Санаты.
